Dès 1995 et la promulgation de la Loi du 4 février 1995 d’Orientation pour l’Aménagement et le Développement du Territoire créant les Pays, l’Auxois Morvan a constitué une Association pour le Développement de l’Auxois (l’ADA) permettant rapidement la reconnaissance d’un Pays test. Sur le périmètre territorial ainsi défini, il a alors été possible de conventionner avec l’Etat et l’Europe pour la mise en place d’un programme LEADER (« LEADER II ») de 1995 à 2000, suivi par la mise en place d’un nouveau programme LEADER (« LEADER + ») de 2000 à 2006.
En parallèle, dès l’année 2000, l’ADA a souhaité contractualiser avec le Conseil Régional de Bourgogne pour la mise en place d’une convention « Coeur de Territoire ». Dans le même temps, à partir de 2003, un Conseil de développement fut mis en place et une convention d’objectifs fut signée avec l’Etat. Ces différentes étapes ont permis d’aboutir à la rédaction d’une « Charte de Pays » (déterminant les principaux enjeux de développement et le projet de territoire) et à la constitution du Syndical Mixte du Pays de l’Auxois Morvan Côte-d’Orien (le « SYMPAMCO ») qui, aujourd’hui encore, reste l’instance décisionnelle du Pays. Le 1er Contrat de Pays (période 2000-2006), basé sur la Charte et sur les travaux conduits sur l’ensemble du territoire entre les élus et les « forces vives » représentées notamment au sein du Conseil de développement, et véritable « feuille de route » de l’action du Pays pour la durée de la contractualisation, fut alors signé en avril 2004.
En 2006 le Pays de l’Auxois Morvan est labellisé « Pays d’Art et d’Histoire » (label renouvelé pour 10 ans en 2016) par le Ministère de la Culture (qualifie des territoires, communes ou regroupements de communes qui, conscients des enjeux que représente l’appropriation de leur architecture et de leur patrimoine par les habitants, s’engagent dans une démarche active de connaissance, de conservation, de médiation et de soutien et à la qualité architecturale et du cadre de vie).
Forts du succès de cette première génération de contrat, et désireux de continuer à oeuvrer pour un aménagement et un développement durable, les acteurs du territoire ont voulu poursuivre l’aventure. C’est dans ce contexte qu’un nouveau Contrat de Pays a été signé le 9 octobre 2007 (période 2007-2013), ainsi qu’un programme LEADER (2007-2013). Au cours de cette période, ils ont permis de soutenir près de 300 projets et de mobiliser un peu plus de 5 millions d’euros au service de l’Auxois Morvan et de ses habitants.
Fin 2014, le Pays de l’Auxois Morvan devient « Pôle d’Equilibre Territorial et Rural » (PETR), lui permettant ainsi de poursuivre l’action engagée il y a déjà près de 20 ans.